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<测序样本前处理自动化平台>
从肿瘤早筛的 “精准预警” 到传染病的 “快速溯源”,从农作物分子育种的 “优种培育” 到遗传病的 “根源排查”,基因测序技术早已跳出科研实验室,成为推动精准医疗、生命科学研究与农业现代化的核心力量。如今,二代测序(NGS)技术普及提速,三代、四代测序技术逐步落地,全球基因测序市场规模持续攀升。
但在市场呈现高速发展的繁荣景象背后,却潜藏着一个极易被忽视却又至关重要的“隐形瓶颈”—— 测序样本前处理环节:一份样本从核酸提取、片段化、末端修复,到接头连接、PCR 扩增、产物纯化、片段选择、杂交捕获、浓度质控和文库Pooling,每一步都直接决定后续测序数据的准确性与可靠性,是基因测序技术从理论走向实际应用的“首道关卡”,其重要性不言而喻。传统手工操作不仅要面对样本批量处理的压力,还需反复转移样本至不同设备,导致人为误差造成文库质量参差不齐、交叉污染“浪费”珍贵样本,费时耗力,让 “高通量测序” 效率、质量大打折扣。
青元开物针对上述基因测序过程中,样本前处理环节的关键问题推出“测序样本前处理自动化平台”(NGS-APW打建一体化)解决方案,以全自动化、高集成化的产品矩阵,为实验室攻破基因测序的“首道关卡”—— 从核酸打断到文库制备,覆盖样本前处理全流程,让精准与高效并存。
方案介绍
Part.1 — 样本打断精准化
核酸片段化是文库构建的关键一步,片段大小不均、碱基序列偏好,均直接影响测序数据质量。青元开物“超声聚焦打断仪EoSonics® FRAG系列”, 采用ACU™(Adaptive Cylindrical Ultrasonic) 超声聚焦技术,凭借物理超声剪切方式,有效攻克了传统酶切法、封闭式耗材超声法的弊端。
可选用专用耗材,省去离心环节
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EoSonics® FRAG8 |
EoSonics® FRAG96 |
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原 理 |
ACU™ 超声聚焦技术 |
ACU™ 超声聚焦技术 |
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尺 寸 |
417mm(深)×438mm(宽)×385mm(高) |
660mm(深)×510mm(宽)×382mm(高) |
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重 量 |
25KG |
50KG |
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通 量 |
1 - 8 |
1 - 96 |
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处理体积 |
15 -150μL,可拓展至毫升级别 |
15 -150μL,可拓展至毫升级别 |
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打断长度 |
100bp - 5Kb |
100bp - 5Kb |
|
处理模式 |
单排批量处理 |
单排批量处理 |
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参数设置 |
1 种 |
1 - 12种 |
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通用耗材 |
八联排管/单管/专用耗材 |
八联排管/9孔板/细胞培养板/专用耗材 |
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专用耗材 |
可选(免离心) |
可选(免离心) |
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自动化整合 |
满 足 |
满 足 |
| 备案编号 |
京经械备20240324 |
京经械备20240381 |
Part.2 — 文库制备自动化
青元开物“全自动基因测序文库制备系统EosBot®Seq系列”,将传统繁琐的手工建库全环节“浓缩” 至一台设备中:可升降磁力架设计实现磁珠纯化与片段筛选,同时集成PCR 扩增模块与浓度测定模块样本无需转移至工作站外,实现样本文库制备全程无间歇、无污染,可同时满足文库构建及靶向捕获全过程自动化。
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EosBot® Seq24LE |
EosBot® Seq24 |
EosBot® Seq96 |
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| 注册证编号 | —— | 京械注准20262220179 | —— |
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尺 寸 |
800mm(深)×995mm(宽)×1000mm(高) |
850mm(深)×1200mm(宽)×1050mm(高) |
800mm(深)×1230mm(宽)×1000mm(高) |
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通 量 |
1 - 24 |
1 - 24 |
1 - 96 |
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移液模块 |
24 |
8, 8, 24 |
8, 8, 96 |
|
移液体积 |
2 - 200μL |
2 - 1000μL |
2 - 1000μL |
|
定量模块 |
√ | √ | √ |
|
适用规模 |
小、中规模的样本处理实验 |
小、中规模的样本处理实验 |
大规模的样本处理实验 |
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测序试剂 |
illumina、赛默飞、诺唯赞、天根生化、翌圣生物、菲鹏生物、康为世纪、爱博泰克等 |
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测序平台 |
illumina、MGI、Life、真迈生物、赛陆、赛纳、PacBio、ONT、普译、今是等主流二、三代测序平台 |
||
随着近年来生命科学和生物医药领域设备国产化替代的趋势需求,EosBot® Seq全系列产品在已实现兼容国内外多种类型建库测序试剂的基础上,着重打造其针对国产试剂的完美匹配性能(包括诺唯赞、博圣、翌圣、天根生化、爱博泰克等不同品牌),为用户有效降低进口试剂依赖性,控制实验成本,实现更加稳定、高效的基因测序文库制备。
Part.3 — 应用案例
案例1 EoSonics® FRAG系列核酸片段化
EoSonics® FRAG系列超声聚焦打断仪将FFPE样本核酸片段化,并通过illumina肿瘤靶向测序芯片TSO500进行建库测序,得到的结果与Illumina官方推荐打断方案进行对比
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目标片段 |
200bp |
|
样本类型 |
FFPE |
|
样本编号 |
2 |
|
打断片段平均长度(bp) |
224 |
|
浓度(ng/μL) |
146 |
|
测序数据质控结果 |
||||||
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样本编号 |
打断仪 |
打断产物大小(bp) |
MEDIAN_INSERT _SIZE (bp) |
median_target _depth |
markdup_50x _ratio |
gc_content |
|
2 |
C品牌 |
196 |
118 |
371 |
0.9665 |
0.4843 |
|
青元开物 |
224 |
133 |
372 |
0.9675 |
0.4786 |
|
结论:
downsample到同一数据量下,各项指标在青元开物打断仪和官方推荐方案间几乎无差异。提取得到的细胞基因组经过青元开物超声聚焦打断仪打断后得到的200-300bp大小的片段,可直接用于高通量测序,也可重硫酸盐转化后用于甲基化测序。
案例2 EosBot® Seq系列自动化建库
基于NIPT杂交捕获建库试剂盒,投入25μLcfDNA,通过EosBot® Seq系列全自动基因测序文库制备系统进行文库构建,并与手动建库数据进行对比,得到如下结果。
|
样本 |
预文库浓度(ng/μL) |
样本 |
预文库浓度(ng/μL) |
杂交捕获后浓度(ng/μL) |
|
1 |
45.4 |
17 |
36.8 |
16杂1,每个杂交反应重复一次,捕获浓度分别为: 35/37.7ng/μL, 33.1/37.4ng/μL, 平均浓度35.7ng/μL |
|
2 |
42.6 |
18 |
55.8 |
|
|
3 |
54.6 |
19 |
106 |
|
|
4 |
41.6 |
20 |
118 |
|
|
5 |
60 |
21 |
88.4 |
|
|
6 |
43.8 |
22 |
49.4 |
|
|
7 |
56.2 |
23 |
35.0 |
|
|
8 |
54.4 |
24 |
44.4 |
|
|
9 |
114 |
25 |
58.6 |
|
|
10 |
85.4 |
26 |
44.2 |
|
|
11 |
89.4 |
27 |
50.2 |
|
|
12 |
35.2 |
28 |
40.2 |
|
|
13 |
75.2 |
29 |
104 |
|
|
14 |
38.8 |
30 |
31.6 |
|
|
15 |
41 |
31 |
45 |
|
|
16 |
57.4 |
32 |
118 |
|
样本 |
预文库浓度(ng/μL) |
样本 |
预文库浓度(ng/μL) |
杂交捕获后浓度(ng/μL) |
|
1 |
33.2 |
17 |
35.2 |
16杂1,每个杂交反应重复一次,捕获浓度分别为:38.2/43.6ng/μL, 40.6/39.6ng/μL, 平均浓度40.5ng/μL |
|
2 |
42.2 |
18 |
50.2 |
|
|
3 |
47.2 |
19 |
120 |
|
|
4 |
42.4 |
20 |
128 |
|
|
5 |
65.4 |
21 |
73.2 |
|
|
6 |
48.4 |
22 |
51 |
|
|
7 |
50.2 |
23 |
33 |
|
|
8 |
55.4 |
24 |
53.6 |
|
|
9 |
111 |
25 |
63.2 |
|
|
10 |
81.6 |
26 |
40.4 |
|
|
11 |
94.6 |
27 |
68.4 |
|
|
12 |
41.6 |
28 |
40.2 |
|
|
13 |
82 |
29 |
108 |
|
|
14 |
45.4 |
30 |
36.6 |
|
|
15 |
40 |
31 |
55.8 |
|
|
16 |
68 |
32 |
123 |
结论:
● 自动化流程建库总平均浓度:61.3ng/μL;手动流程:总平均浓度:63.4ng/μL;预文库自动化建库结果与手动相差3%;
● 自动化杂交捕获平均浓度35.7ng/μL,手动杂交捕获平均浓度40.5ng/μL,终文库相差11%;
● 两个阶段结果均符合客户端需求。青元自动化工作站替代手工操作,文库产出均一性显著提升,减少人工操作,提高实验准确性,同时显著提高遗传病临床诊断效率。




