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<测序样本前处理自动化平台>

从肿瘤早筛的 “精准预警” 到传染病的 “快速溯源”,从农作物分子育种的 “优种培育” 到遗传病的 “根源排查”,基因测序技术早已跳出科研实验室,成为推动精准医疗、生命科学研究与农业现代化的核心力量。如今,二代测序(NGS)技术普及提速,三代、四代测序技术逐步落地,全球基因测序市场规模持续攀升。

 

但在市场呈现高速发展的繁荣景象背后,却潜藏着一个极易被忽视却又至关重要的“隐形瓶颈”—— 测序样本前处理环节:一份样本从核酸提取、片段化、末端修复,到接头连接、PCR 扩增、产物纯化、片段选择、杂交捕获、浓度质控和文库Pooling,每一步都直接决定后续测序数据的准确性与可靠性,是基因测序技术从理论走向实际应用的“首道关卡”,其重要性不言而喻。传统手工操作不仅要面对样本批量处理的压力,还需反复转移样本至不同设备,导致人为误差造成文库质量参差不齐、交叉污染“浪费”珍贵样本,费时耗力,让 “高通量测序” 效率、质量大打折扣。

 

青元开物针对上述基因测序过程中,样本前处理环节的关键问题推出“测序样本前处理自动化平台”(NGS-APW打建一体化)解决方案,以全自动化、高集成化的产品矩阵,为实验室攻破基因测序的“首道关卡”—— 从核酸打断到文库制备,覆盖样本前处理全流程,让精准与高效并存。

方案介绍

Part.1 — 样本打断精准化

核酸片段化是文库构建的关键一步,片段大小不均、碱基序列偏好,均直接影响测序数据质量。青元开物“超声聚焦打断仪EoSonics® FRAG系列”, 采用ACU™(Adaptive Cylindrical Ultrasonic) 超声聚焦技术,凭借物理超声剪切方式,有效攻克了传统酶切法、封闭式耗材超声法的弊端。

核酸片段化中高通量全覆盖、全获证

单排处理模式,可成排设置不同打断参数

适配八联排管、96孔板等常规开放耗材

无需频繁转板,可直接上机打断

可选用专用耗材,省去离心环节

 

 

 

 

EoSonics® FRAG8

EoSonics® FRAG96

原    理

ACU™ 超声聚焦技术

ACU™ 超声聚焦技术

尺    寸

417mm(深)×438mm(宽)×385mm(高)

660mm(深)×510mm(宽)×382mm(高)

重    量

25KG

50KG

通    量

1 - 8

1 - 96

处理体积

15 -150μL,可拓展至毫升级别

15 -150μL,可拓展至毫升级别

打断长度

100bp - 5Kb

100bp - 5Kb

处理模式

单排批量处理

单排批量处理

参数设置

1 种

1 - 12种

通用耗材

八联排管/单管/专用耗材

八联排管/9孔板/细胞培养板/专用耗材

专用耗材

可选(免离心)

可选(免离心)

自动化整合

满 足

满 足

备案编号

京经械备20240324

京经械备20240381

获取产品详情

Part.2 — 文库制备自动化

青元开物“全自动基因测序文库制备系统EosBot®Seq系列”,将传统繁琐的手工建库全环节“浓缩” 至一台设备中:可升降磁力架设计实现磁珠纯化与片段筛选,同时集成PCR 扩增模块与浓度测定模块样本无需转移至工作站外,实现样本文库制备全程无间歇、无污染,可同时满足文库构建及靶向捕获全过程自动化。

建库、浓度质控及均一化三位一体

外密封移液模块,液体转移快精准

中高通量全覆盖,匹配多规模实验

多元化模块配置,应对全场景需求

 

 

EosBot® Seq24LE

EosBot® Seq24

EosBot® Seq96

注册证编号 —— 京械注准20262220179 ——

尺    寸

800mm(深)×995mm(宽)×1000mm(高)

850mm(深)×1200mm(宽)×1050mm(高)

800mm(深)×1230mm(宽)×1000mm(高)

通    量

1 - 24

1 - 24

1 - 96

移液模块

24

8, 8, 24

8, 8, 96

移液体积

2 - 200μL

2 - 1000μL

2 - 1000μL

定量模块

适用规模

小、中规模的样本处理实验

小、中规模的样本处理实验

大规模的样本处理实验

测序试剂

illumina、赛默飞、诺唯赞、天根生化、翌圣生物、菲鹏生物、康为世纪、爱博泰克等

测序平台

illumina、MGI、Life、真迈生物、赛陆、赛纳、PacBio、ONT、普译、今是等主流二、三代测序平台

获取产品详情

随着近年来生命科学和生物医药领域设备国产化替代的趋势需求,EosBot® Seq全系列产品在已实现兼容国内外多种类型建库测序试剂的基础上,着重打造其针对国产试剂的完美匹配性能(包括诺唯赞、博圣、翌圣、天根生化、爱博泰克等不同品牌),为用户有效降低进口试剂依赖性,控制实验成本,实现更加稳定、高效的基因测序文库制备。

Part.3 — 应用案例

案例1 EoSonics® FRAG系列核酸片段化

EoSonics® FRAG系列超声聚焦打断仪将FFPE样本核酸片段化,并通过illumina肿瘤靶向测序芯片TSO500进行建库测序,得到的结果与Illumina官方推荐打断方案进行对比

目标片段

200bp

样本类型

FFPE

样本编号

2

打断片段平均长度(bp)

224

浓度(ng/μL)

146

EoSonics® FRAG片段化结果

EoSonics® FRAG片段化结果

测序数据质控结果

样本编号

打断仪

打断产物大小(bp)

MEDIAN_INSERT

_SIZE (bp)

median_target

_depth

markdup_50x

_ratio

gc_content

2

C品牌

196

118

371

0.9665

0.4843

青元开物

224

133

372

0.9675

0.4786

结论:

downsample到同一数据量下,各项指标在青元开物打断仪和官方推荐方案间几乎无差异。提取得到的细胞基因组经过青元开物超声聚焦打断仪打断后得到的200-300bp大小的片段,可直接用于高通量测序,也可重硫酸盐转化后用于甲基化测序。

案例2 EosBot® Seq系列自动化建库

基于NIPT杂交捕获建库试剂盒,投入25μLcfDNA,通过EosBot® Seq系列全自动基因测序文库制备系统进行文库构建,并与手动建库数据进行对比,得到如下结果。

样本

预文库浓度(ng/μL)

样本

预文库浓度(ng/μL)

杂交捕获后浓度(ng/μL)

1

45.4

17

36.8

16杂1,每个杂交反应重复一次,捕获浓度分别为:

35/37.7ng/μL,

33.1/37.4ng/μL,

平均浓度35.7ng/μL

2

42.6

18

55.8

3

54.6

19

106

4

41.6

20

118

5

60

21

88.4

6

43.8

22

49.4

7

56.2

23

35.0

8

54.4

24

44.4

9

114

25

58.6

10

85.4

26

44.2

11

89.4

27

50.2

12

35.2

28

40.2

13

75.2

29

104

14

38.8

30

31.6

15

41

31

45

16

57.4

32

118

样本

预文库浓度(ng/μL)

样本

预文库浓度(ng/μL)

杂交捕获后浓度(ng/μL)

1

33.2

17

35.2

16杂1,每个杂交反应重复一次,捕获浓度分别为:38.2/43.6ng/μL,

40.6/39.6ng/μL,

平均浓度40.5ng/μL

2

42.2

18

50.2

3

47.2

19

120

4

42.4

20

128

5

65.4

21

73.2

6

48.4

22

51

7

50.2

23

33

8

55.4

24

53.6

9

111

25

63.2

10

81.6

26

40.4

11

94.6

27

68.4

12

41.6

28

40.2

13

82

29

108

14

45.4

30

36.6

15

40

31

55.8

16

68

32

123

结论:

自动化流程建库总平均浓度:61.3ng/μL;手动流程:总平均浓度:63.4ng/μL;预文库自动化建库结果与手动相差3%;

 自动化杂交捕获平均浓度35.7ng/μL,手动杂交捕获平均浓度40.5ng/μL,终文库相差11%;

两个阶段结果均符合客户端需求。青元自动化工作站替代手工操作,文库产出均一性显著提升,减少人工操作,提高实验准确性,同时显著提高遗传病临床诊断效率。